Este problema sucede al mantener un proceso abierto durante la secuencia de apagado del sistema.
Si queremos reducir el tiempo de espera, que por defecto es 90 segundos, se editará /etc/systemd/system.conf
DefaultTimeoutStopSec=10s #Cambiar al tiempo deseado en el que se reducirá el tiempo de espera.
$ systemctl daemon-reload